Kaikkia uuden biosidiasetuksen määräyksiä ja velvoitteita ei aleta soveltaa heti 1.9.2013.
Siirtymäaikoja on asetettu mm. biosidivalmisteille, jotka eivät kuulu direktiivin 98/8/EY soveltamisalaan, mutta jotka ovat markkinoilla 1.9.2013. Tällaisia biosidivalmisteita koskevat lupahakemukset on toimitettava viimeistään 1.9. 2017.
Käyttöoikeus tehoaineen tietoaineistoon on pitänyt osoittaa 1.9.2015 mennessä. ECHA:lle on pitänyt ilmoittaa tiedot tehoainetta koskevasta asiakirja-aineistosta 1.9.2013 alkaen.
Käsiteltyjä esineitä koskevat tietyt vaatimukset, mm. jo kielletyksi tulleiden tehoaineiden käyttökielto, astuvat voimaan 1.9.2016.
Suomessa jatketaan vanhoja kansallisia ennakkohyväksymismenettelyjä, kunnes tehoaine on hyväksytty EU-tasolla asetuksen mukaisesti ja valmisteille on haettava asetuksen mukaista lupaa. Tämä koskee puunsuoja-aineita, massa- ja paperiteollisuuden limantorjuntakemikaaleja, antifoulingvalmisteita sekä jyrsijämyrkkyjä, hyönteis- ja punkkimyrkkyjä sekä tuholaistorjuntaan käytettäviä karkotteita ja houkutteita (eli PT 18 ja PT 19).
Uuden asetuksen siirtymäajat eivät vaikuta olemassa oleviin lupiin.